La historia ocurre en el mundo de los muertos (que es es como el Halloween Town de Pesadilla antes de Navidad pero con menos monstruos y menos calabazas), en él, existen los "técnicos" de armas demoníacas (armas que pueden tomar forma humana). La función de estos técnicos es lograr desarrollar sus armas para convertirlas en armas dignas del Rey Shinigami (Shinigami-sama), haciéndoles devorar 99 almas humanas humanas y un alma de bruja, que por supuesto, deberán cazar ellos mismos.

El trabajo no será en absoluto fácil, especialmente por lo conflictivas que pueden llegar a ser las peculiares personalidades de los personajes protagonistas que podrían clasificarse como "una panda chiflaos". Serán tres los equipos que tratarán de lograr las codiciadas 100 almas. Maka Alban y su guadaña Soul Eater, Black☆Star (por alguna razón su nombre siempre debe llevar una estrella en medio...) y la hoja oscura Tsubaki, y por ultimo, Death The Kid y las pistolas gemelas Patty y Liz Thomson.