La historia rodea a un mayor y un poco más maduro Naruto Uzumaki y su aventura para rescatar a su amigo Sasuke Uchiha de las garras del Orochimaru, antes de que este utilize el cuerpo de su amigo. Sakura también se unirá a su viaje, por la que comienza a entrenar con Tsunade. Luego de 2 años y medio entrenando con Jiraiya, Naruto regresa a Konoha, y se decide alcanzar su sueño de una buena vez, aunque no será nada fácil. Ahora ha formado más enemigos dentro de la Organización Shinobi, Akatsuki; que siguen buscando el demonio en su interior. Ahora, 3 años después de los eventos de "Naruto", el viaje del muchacho para volverse Hokage continúa...